Leta 1819 je podedoval grad Bogenšperk, ki ga je 27. aprila 1801 njegov oče Janez Štefan Bogataj kupil od Mihaela Skubeta. Po njegovi smrti so ga leta 1853 njegovi dediči prodali knezu Weriandu Windischgrätzu.

28. januarja 1822 se je oženil z Marijo Aubel iz graščine Zapuže pri Mirni na Dolenjskem. V njunem zakonu se je rodilo šest otrok. Prvorojenka Marija Ivana, rojena 22. maja 1823 se je poročila 23. septembra 1851 v kapeli na Bogenšperku s Franom Potočnikom iz Krope, ki je tedaj bival v Litiji (glej BL).

Najmlajša hči Ernestina se je poročila z Jurijem Klaričem (Clarici), oskrbnikom posesti kneza Windischgrätza. Pri njej se je hranil del rodbinskega arhiva Bogatajev.

Pokopan je v Šmartnem pri Litiji. Ni znano, kdo je bil pred njim tam pokopan, ker je bila bela plošča dodana naknadno. Poleg njega je pokopana njegova žena Marija roj. Aubel, ki je umrla dobre tri mesece za njim, 29. avgusta leta 1852.