Leta 1938 se je vpisal na veterinarsko fakulteto v Zagrebu. Zaradi druge svetovne vojne je moral prekiniti študij, ki ga je nato dokončal leta 1948. Po diplomi se je zaposlil na Veterinarskem znanstvenem zavodu v Ljubljani, kjer je v letih 1952-1958 vodil Oddelek za epizootiologijo. Leto dni po opravljenem doktoratu na zagrebški veterinarski fakulteti leta 1957 je bil izvoljen za docenta na Veterinarskem oddelku Fakultete za agronomijo, gozdarstvo in veterinarstvo v Ljubljani. Od leta 1971 je tu delal kot redni profesor. Leta 1960 je ustanovil Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo na Veterinarskem oddelku Biotehniške fakultete in ga vodil do upokojitve leta 1989.
Bil je med ustanovitelji Slovenskega mikrobiološkega društva leta 1959 in priznan strokovnjak na področju kužne presušitve vimena pri kravah. Leta 1981 je postal član newyorške akademije znanosti, leta 1983 pa redni član SAZU. Leta 1977 je postal dopisni in leta 1983 redni član Slovenske akademije znanosti in umetnosti, pri kateri je bil v obdobju 1985-1992 glavni tajnik. Pomembno je sodeloval pri Slovenski matici in pri Enciklopediji Slovenije, kjer je bil od prvega zvezka naprej urednik za področje veterinarstva.
Bil je član okrožnega odbora aktivistov Osvobodilne fronte litijskega okrožja.
Bibliografija
V domačih in tujih strokovnih časopisih je objavil več znanstvenih in strokovnih del. Članke je objavljal v Zborniku Biotehniške Fakultete Univerze v Ljubljani in Kmečkem glasu.
Batis, Janez. Epizootiološki minimum : Priročnik za predavatelje. Ljubljana: Veterinarski zavod Slovenije, 1978.
Batis, Janez (soavtor). Mikrobiologija za veterinarje : splošni del – učbenik. Ljubljana: Biotehniška fakulteta, 1984.
Batis, Janez (soavtor). Veterinarski terminološki slovar. Ljubljana: Veterinarska fakulteta : Slovenska akademija znanosti in umetnosti, 1982 – 2002.
Batis, Janez (soavtor). Pravna ureditev veterinarstva. Ljubljana: Republiški komite za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano : Republiška veterinarska uprava, 1986.
Batis, Janez (sodelavec). Mikrobiološki slovar. Ljubljana: Slovensko mikrobiološko društvo, 1994.
Priznanja in nagrade
1965 – red dela s srebrnim vencem
1968 – medalja za vojaške zasluge
1975 – nagrada mesta Ljubljane
1977 – nagrada Sklada Borisa Kidriča
1978 – zlata plaketa Univerze v Ljubljani
1990 – Kidričeva nagrada, najvišje priznanje Republike Slovenije na področju znanosti